Процесс развития локальной научной идеологии сопровождается непредвиденными явлениями, ослабляющими и иногда разрушающими ее позиции.

Во-первых, мировая наука продолжает развиваться и уходит вперед на целые эпохи, она становится классикой, входит в учебники, делается понятной для неспециалистов, начинает использоваться на практике, создает экономически выгодные промышленные установки. Сторонники тектоники плит в 1983 г. имели право утверждать, что их взгляды «стали общепринятыми в западных странах» (205, стр. 8), и что на ее основе открыты крупные месторождения полезных ископаемых в различных районах мира (108, стр. 3-5). Многочисленные практические приложения имела генетика в 40-е и 50-е годы. Это устраняет неоднозначность в сравнении двух парадигм. Преимущества парадигмы мировой науки становятся очевидными, а истинные мотивы лидеров научной идеологии трудно маскируемыми, так что их противники имеют право заявлять:

Локальная научная идеология не может пользоваться практическими приложениями той науки, которую она отрицает. Мичуринцы так и говорили, что у генетиков есть практически ценные сельскохозяйственные приемы, но применять их не следует, так как за этими «дарами данайцев» последует вторжение буржуазной науки. Они оказались совершенно беспомощными в проблемах радиационной биологии, крайне актуальных в эпоху атомной бомбы. Они же отвергали существование наследственных болезней человека и, следовательно, не могли ни изучать, ни лечить их. Сейсмологи-фиксисты не справились с задачей долгосрочного сейсмического прогноза, потому что предсказывали крупные землетрясения в областях с активными вертикальными движениями. Поскольку горизонтальные движения далеко не всегда сопровождаются вертикальными, то многие разрушительные землетрясения в СССР происходили там, где их никто не ждал.

Во-вторых, сама локальная научная идеология дает практические методы и рекомендации, которые оказываются бесполезными или вредными. Построенные на основе фиксизма принципиально неверные геологические разрезы вели к неверной ориентировке геологоразведочных работ, например, к бурению многочисленных бесполезных скважин на козырьках надвигов, рассматриваемых как перспективные на нефть антиклинали, Дубинин и Медведев приводят целые списки провалившихся практических обещаний и предложений мичуринцев. В том числе: «создание» за два года сортов с заранее заданными свойствами, «полное решение зерновой проблемы» выведением ветвистой пшеницы и внедрением озимых в Сибири, «переворот в степном лесоразведении» посредством гнездовых посадок дуба, «размножение» удобрений путем бессмысленного, многократно увеличивающего работу транспорта, перемешивания их с землей, «коренная переделка почвы», т.е. перепахивание ее на метровую глубину с погребением плодородного слоя под бесплодными глинами.

В-третьих, внутренний импульс локальных научных идеологий к восходящему развитию делает научно-идеологическую ирреальность все более радикальной. Начинают отрицаться факты, с которыми неизбежно сталкивается каждый специалист (вроде надвигов и складок в фиксизме), или изобретаться псевдофакты, ложность которых тоже легко проверяема Непрерывное столкновение профессионального опыта с предписаниями научной идеологии может породить напряженность в научном сообществе. Например, в 1954 г. в период полного господства мичуринцев произошел скандал с докторской диссертацией, в которой описывалось «скачкообразное порождение» сорняков культурными злаками. После выступления «Правды» докторская степень была отменена, что серьезно ударило по престижу мичуринцев. После таких случаев часть ученых становится восприимчивой к иным точкам зрения, и знакомство с зарубежной теорией может легко изменить их взгляды. Кроме того, развиваясь по восходящей линии и подавляя самоконтроль насилием, локальная идеология достигает высказываний, уязвимых для критики со стороны других наук и просто здравого смысла. Победа может обернуться поражением, как это произошло с Лысенко:

Образованные лингвисты, ученики Марра, не замечали нелепостей в своем учении и своей уязвимости вследствие этого. Сталин, пользуясь обыкновенным здравым смыслом, простейшими рассуждениями и известными всем фактами, успешно опроверг марровские положения о классовости языка и о языке как «надстройке», русский язык действительно был общим для всех классов и не изменялся при смене общественного строя, хотя согласно определению его как «надстройки» он должен был сменяться при каждой смене «базиса». Так же уязвим с позиций здравого смысла оказался и экономический детерминизм Покровского, когда школьники знали, что Екатерина Вторая была «продуктом крупного дворянского землевладения», но не знали, что она была русская царица.

Если эти примеры кажутся устаревшими, можно взять «Литературную газету» за вчерашнее число. Приводится десяток явно бессмысленных цитат из научно-имитационной литературы по педагогике, Делается вывод, что это есть «унылое прописное наукообразие... словесный мусор» (193, стр. 12), и решительно предлагается Академии Педагогических наук начать «фронтальную атаку против наукообразия».

Так выглядит кризис локальной научной идеологии. Но, в отличие от науки, она никогда не признает его наличия. Она поступит как идеология, т.е. мобилизует все силы на борьбу с внешним и внутренним врагом. Вот как выглядели кризис и реакция на него в мичуринской биологии в 1948 году:

Выход был найден в проведении сессии ВАСХНИЛ, позволившей временно расправиться со всеми врагами. Вторая волна кризиса пришла через несколько лет:

В ответ на это мичуринцы ужесточили научно-идеологическую полемику, прямо называя генетиков убийцами, фашистами и т.д. В 1953 году в программной статье «Банкротство буржуазной лженауки» они говорили:

Однако, копируя большую идеологию в методах борьбы с врагами, локальная научная идеология забывает о некоторых своих отличиях, сказывающихся на ее способности к сопротивлению. Руководители государственной идеологии – это абсолютно суверенные люди, стояние на истинной социальной вершине и никому в мире не подконтрольные. Пирамида научного сообщества входит как составная часть в подструктуру Академии наук и далее – в структуру всего общества. Над научными лидерами, в отличие от государственных, имеются авторитеты, которые они обязаны признавать. Кроме того, локальные научные идеологии обладают значительно меньшими возможностями воздействия на инакомыслящих, чем политические идеологии. Ученые не имеют собственных тюрем и даже изгнать оппонента из членов сообщества они могут не всегда.